Бухгалтерский учет финансово-хозяйственной деятельности Бакинского государственного университета осуществляется централизованной бухгалтерией, где работает 19 ведущих бухгалтеров и экономистов.

В настоящее время, бухгалтерский учет университета полностью автоматизирован и ведется в современных бухгалтерских программах. Централизованная бухгалтерия состоит из следующих отделов и подразделений.

- Отдел учета заработной платы

- Учет платного образования и стипендий

- Мемориальный бухгалтерский учет

- Экономический отдел

- Финансовый отдел

Для обеспечения эффективной связи с отделами и факультетами, оперативного выполнения распоряжений ректората, применения новых финансовых механизмов, подготовки финансовых предложений финансово-хозяйственная деятельность университета координируется с Советником ректора на финансовым вопросам.

Главный бухгалтер централизованной бухгалтерии Фируза Бабаева.