На заседании парламента Азербайджанской Демократической Республики 1 сентября 1919 года был издан закон об учреждении государственного университета, таким образом, на месте пересечения Европы и Азии, в городе Баку, было открыто первое высшее учебное заведение в Азербайджане. Общенациональный лидер Гейдар Алиев, оценивая это историческое событие, назвал Бакинский государственный университет "национальным достоянием азербайджанского народа".

Несмотря на смуту внутри страны, которую разжигали большевики и армянские дашнаки и сложную экономическую ситуацию, Азербайджанская Демократическая Республика уделяла огромное внимание развитию культуры, образования и искусства. Правительство АДР, наряду с решением сложных политических  и экономических проблем, вело активную деятельность в сфере просвещения и образования. 28 мая 1918 года решением Правительства Азербайджанской Демократической Республики было создано первое Министерство по просвещению и образованию народа -  Министерство Народного Просвещения.  Первым мероприятием в области народного образования была национализация школ, которая означала перевод обучения на родной тюркский язык. Этим впервые узаконивалось право обучения детей азербайджанской национальности на родном языке.

Как неотложная задача перед азербайджанским правительством стояла организация высшего образования в республике. Этот вопрос горячо обсуждался среди политических деятелей, интеллигенцией, в торгово-промышленных кругах. Еще в августе 1918 года Азербайджанское правительство рассматривало вопрос об участии в финансировании Тифлисского  политехнического института. В этой связи министр просвещения Н. Усуббеков предложил, чтобы Азербайджанское правительство приняло на себя все расходы по содержанию института, с условием перенесения его на территорию Азербайджана. Министерством просвещения был разработан законопроект открытия в Баку педагогического института. На повестке дня стоял также вопрос об открытии консерватории, базой которой должно было стать Бакинское музыкальное училище.

Важнейшим шагом стало открытие Бакинского государственного университета. Университет начал учебный год с 4 факультетами (историко-филологический, физико-математический, юридический, медицинский.) Первым ректором университета был выдающийся русский ученый, профессор Казанского Университета, известный хирург В.И.Разумовский. Правительство прилагало большие усилия по материально-техническому обеспечению университета, привлечению педагогических кадров, выделению соответствующих зданий. Приходилось преодолевать сопротивление консервативных сил, выступающих против открытия университета.

29 сентября 1919 года Парламент Азербайджанской Демократической Республики утвердил "Устав Бакинского государственного университета", а 15 ноября 1919 года начались первые занятия.  Ректор В.И.Разумовский, говоря о важности этого события отметил: "Азербайджан создал свой очаг просвещения. В историю тюркского народа вписана новая яркая страница. На стыке Европы и Азии зажегся новый факел. Я верю в блестящее будущее Бакинского государственного университета".

За 2 года существования правительство АДР достигло многого, но создание первого в стране университета стало неоценимым вкладом в дальнейшее развитие нашей страны. Многие государственные и политические деятеля этого периода, такие как Мамед Эмин Расулзаде, Р.Капланов с большим удовольствием читали лекции первым студентам БГУ. Во время этих лекций студенты получали не только знания, но и веру в светлое будущее своего народа.

К сожалению, этим начинаниям не суждено было получить логическое развитие.  28 апреля 1920 года в результате агрессии Азербайджан был оккупирован частями 11 Красной Армии. После падения Азербайджанской Демократической Республики решением Совета Министров Азербайджанской ССР от 28 апреля 1920 года Министерство Образования было реорганизовано в Комиссариат народного просвещения и все учебные заведения, в том числе и Бакинский государственный университет,  были переданы в его подчинение. И уже 11 мая того же года Народный комиссар просвещения Дадаш Буньядзаде издал указ относительно учебного и воспитательного процесса в Университете. В данном указе было также отмечено, что университет будет налаживать отношения с Советской Россией, откуда и будут, в дальнейшем, приглашаться преподаватели. На ректора университета Разумовского оказывалось постоянное давление, в результате чего он вынужден был покинуть Баку. В тот же год ректором университета был  назначен известный невропатолог, выпускник Московского государственного университета, профессор (в дальнейшем академик) Сергей Николаевич Давиденков.

Учитывая необходимость в местных кадрах, в мае 1921 года правительство приняло решение проводить обучение на тюркском языке, но, несмотря на это, в университете проводилась политика «чистки» и давления. В 1922 году, после создания Союза Советских Социалистических Республик (СССР), система образования была подчинена непосредственно центру, что означало конец независимости университета.

В 1922 году университет был переименован в Азербайджанский государственный университет. Все решения, связанные с университетом, принимались в центре и выполнение этих указов было обязательным. Как и во всей стране, так и в университете, образование стало служить пропаганде советской идеологии.

В 1923 году ректором Университета был назначен философ, логик,  профессор Казанского университета Александр Дмитриевич Гуляев, который приехал в Баку октябре 1920 года  вместе со своими коллегами А.О.Маковельским и П.К.Жузе по приглашению университета. В Бакинском университете Александр Дмитриевич читал лекции на историко-филологическом факультете. На педагогическом факультете руководил кафедрами истории педагогики и истории философии, читал лекции на кафедре диалектического материализма.

В 1923 году, согласно принятому уставу, на всех факультетах университета, за исключением факультета Востоковедения, все обязательные курсы и семинары должны были вестись на русском языке. Это было попыткой превратить университет в важный орган по  претворению в жизнь государственной политики. Однако благодаря усилиям передовой азербайджанской интеллигенции университета, которая, осознавая сложившуюся в стране ситуацию, вела очень осторожную борьбу за обучение на родном языке, университету удалось отстоять свою позицию. В 1927-1930-х годах в университет были приглашены такие видные азербайджанские ученые, писатели как С.Казымов, Г.Шахтахтинский, М.Ибрагимов, М.Эфендиев, С.Гусейнов, М.Алекперли, Т.Шахбази, А.Ахвердиев, Б.Талыблы, Ф.Рзабейли, М.Топчубашов, А.Гаджиев, А.Талышинский и другие. Благодаря этому шагу в университете увеличивается количество азербайджанских студентов, на родном языке печатаются различные научные труды, учебные пособия. В 1926 году первым ректором-азербайджанцем становится   видный государственный деятель, писатель и ученый Таги Шахбази. Однако в 1929 году его отстраняют и на его место избирается известный русский ученый Владимир Сергеевич Елпатьевский, который руководил университетом совсем недолго. С 1929 по 1930-е годы ректором университета был Мамедов Максуд.

Ведущими педагогами в университете в 1920-30 гг. являлись известные востоковеды - профессор Р.К.Жюзе, проф. А.О.Мишель и др. В тот период по приглашению руководства университета в Баку для чтения лекций по своим специальностям приезжали Н.Ю.Мар, В.В.Бартольд, академик Академии Восточных Наук Фуад бек Кюпрюлюзаде.

К сожалению, в 1930 году по указу Совета Народного Комиссариата университет был упразднен под предлогом перестройки (реорганизации) и на его базе был создан Высший Педагогический Институт. Но в 1934 году Государственный университет снова стал центром научно-педагогической мысли. В 1934 году ректором был назначен Mамедказым  Алекперли, который руководил университетом до 1935 года.  В годы тотальных репрессий университет часто менял своих ректоров. В 1935–1937-е годы БГУ возглавлял Балабек Джаббар оглы Гасанбеков, в 1937 году Азиз Алиев, с 1937-41-е годы Джабраил  Алескеров.

В годы Второй Мировой Войны, несмотря на отсутствие многих профессоров и педагогов, университет все равно оставался передовым. В тяжелые 1941-1944-е годы университетом руководил Шамиль  Алиев.
В послевоенные годы с 1944-1950–е годы ректором университета был Абдулла Гараев.
В 1945 году ученые университета приняли активное участие в организации Академии наук Азербайджана. Большинство высших учебных заведений республики и, в том числе Азербайджанский Медицинский Университет, Азербайджанский Экономический Университет, Азербайджанский Государственный Педагогический Университет и другие были созданы на базе Бакинского университета.

В 1950-1954-е годы университет возглавлял известный поэт и литературовед Джафар Хандан Гаджиев, в 1954-1958-е годы Юсиф  Мамедалиев, в 1958-1965-е годы Шафаят Мехтиев, в 1965-1970-е годы Мехти Алиев.

В 1969 году, после прихода к власти Гейдара Алиева, в Азербайджане происходит подъём науки и образования. 1 ноября 1969 года на торжественном мероприятии по случаю 50-летнего юбилея Университета, общенациональный лидер Гейдар Алиев, будучи тогда первым секретарем ЦК Компартии Азербайджана, выступил на родном языке и тем самым вернул национальный дух в стены университета. В своем выступлении он отметил: «Сегодня, в этот день славного юбилея, мы отдаем дань уважения тем, кто посвятил себя созданию и развитию Азербайджанского университета». В день 50-летнего юбилея Президиум Верховного Совета СССР наградил Университет Орденом Трудового Красного Знамени. Это стало достойной оценкой многолетнего труда в области развития культуры, науки и образования. Свой 50-летний юбилей университет встретил с 13 факультетами.

Годы правления Гейдара Алиева, на посту первого секретаря ЦК Компартии Азербайджана, можно поистине назвать периодом возрождения университета. Гейдар Алиев относился к судьбе Университета с особым вниманием. Он всегда с гордостью отмечал тот факт, что является выпускником Бакинского государственного университета.  Именно в 70-80-е годы создаются все условия для развития деятельности университета. Открываются факультеты с новыми современными специальностями, создаются новые научно-исследовательские лаборатории, кафедры. В 1974 году библиотека университета получает статус «Научной библиотеки». В 80-е годы восстанавливается деятельность университетского издательства, которая была приостановлена в 1961 году. Увеличивается план по приему студентов. В 1977-78-е годы сдается в эксплуатацию второй учебный корпус. Университет начинает прием иностранных студентов иготовит специалистов для развивающихся стран Азии, Африки и Латинской Америки. В 1970-1980-е годы университет возглавляет академик Фаиг Багирзаде.

Развал СССР, первые годы независимости были сложными, как для всей страны, так и для университета, в частности.  В период с 1987 по 1993 годы в университете сменилось 5 ректоров: 1987-89-е годы  член-корреспондент Академии Наук, проф. Яхья  Мамедов, 1989-1990-е годы академик Джамиль Гулиев, 1990-92-е годы академик Мираббас Гасымов; 1992-1993-е годы Фирудин Самандаров.

С возвращением Общенационального лидера Гейдара Алиева к руководству Азербайджаном в 1993 году в общественно-политической, социальной, экономической, научной и культурной жизни страны, в международных связях произошел перелом. Общенациональный лидер Гейдар Алиев в очень короткие сроки вывел Азербайджан на путь развития и процветания. Несмотря на первоочередные проблемы, такие как Карабахский конфликт, формирование Национальной армии, создание регулярных Вооруженных сил, Гейдар Алиев уделял огромное внимание вопросу образования. Бакинский государственный университет чувствовал постоянную поддержку великого лидера. С 1993-96-е годы ректором БГУ был профессор Муртуз Алескеров, с 1996-98-е годы профессор Мисир Марданов, с 1999-2018-е годы был назначен академик Абель Магеррамов. C 11 марта 2019 года ректором является Эльчин Сафаралы оглу Бабаев.

Общенациональный лидер Гейдар Алиев, опираясь на сформированный им в республике еще в 70-80-е годы богатый научно-интеллектуальный потенциал, выдвинул современную концепцию образования и уделял особое внимание решению проблем в этой области. Он определил в качестве важной задачи развитие национального образования и его интеграцию в образовательную систему ведущих государств мира, наметив приоритетные направления реформ в этой сфере. Фундамент концепции образования, выдвинутой общенациональным лидером, составляют дальнейшее укрепление независимости, стремительное осуществление процесса строительства демократического и правового общества, усиление экономического потенциала государства, а также самое главное – формирование достойных личностей для общества.

В последние годы БГУ играет огромную роль в проведении реформ в области образования в нашей республики. БГУ одним из первых в стране перешел на трехступенчатую систему образования (бакалавриат, магистратура, докторантура). Университет первым приступил к использованию 100-балльной системы при оценке знаний студентов, стал применять новые технические учебные средства при организации учебного процесса. БГУ имеет современное издательство и типографию, соответствующие европейским стандартам. Фонд научной библиотеки университета составляет более 2,5 млн. изданий. 12 читальных залов, 5 абонементских отделов библиотеки находятся в постоянном распоряжении преподавателей и студентов.

Университет является современным крупнейшим научным центром, объединяющим 16 факультетов, 124 кафедры по естественным и гуманитарным научным областям, 24 научно-исследовательских лабораторий, 3 научно-исследовательских центра, где проводятся научные исследования, охватывающие широкий спектр научной тематики – от классических вопросов азербайджанского языка, литературы и истории до генетики, получения наноматериалов.

При университете функционируют два научно-исследовательских института – институт прикладной математики и научно-исследовательский институт проблем физики, где работают около 200 научных сотрудников.

Новый этап развития университета непосредственно связан с именем Президента Азербайджана Ильхамом Алиевым, который продолжает успешную политику великого лидера Гейдара Алиева. Он неоднократно отмечал, что будущее народа и государства зависит именно от науки и образования и выдвинул линию активного национального просвещения и интеграции в мировую систему образования. Внимание, оказываемое данной области, служит в то же время признанию Азербайджана на мировом уровне. Именно в результате этой рациональной политике главы государства в настоящее время  наша республика не связывает свое будущее развитие с дивидендами от природных ресурсов.

Высокие темпы роста экономики Азербайджана создали условия для проведения реформ, отвечающих современным требованиям. «По темпам экономического развития Азербайджан занимает место в ряду наиболее передовых государств. Необходимо превратить экономический потенциал, материальные ценности в человеческий капитал, потому что именно знания человека, его образование открывают перед ним новые пути, служат всестороннему развитию страны, укрепляя, тем самым, интеллектуальный потенциал государства. Сегодня настало время вкладывать инвестиции именно в образование», - отмечал Ильхам Алиев, по мнению которого, единственный путь продолжительного и стабильного развития заключается в осуществлении фундаментальной стратегии образования.

Согласно распоряжениям президента Ильхама Алиева, в 2006 году на строительство нового корпуса БГУ, строительство которого было заморожено в 90-е годы, из бюджета было выделено 600 тыс.манатов, в 2007 году - 2,5 млн.манатов, в 2008 году- 4,6 млн. манатов.

Участвуя в торжественном открытии нового корпуса Бакинского государственного университета в сентябре 2008 года, Президент Ильхам Алиев поделился своим мнением об этом высшем учебном заведении: «Бакинский Государственный Университет является ведущим высшим учебным заведением нашей республики. Здесь имеется очень сильный профессорско-преподавательский состав, и во все периоды БГУ осуществлял колоссальную работу по подготовке квалифицированных кадров. Сегодня университет переживает начало нового периода в своей истории. Повышается качество образования, укрепляется материально-техническая база. Словом, Бакинский Государственный Университет играет своеобразную, важную роль в формировании профессиональных кадров».

Славный путь, пройденный Бакинским государственным университетом, этой важнейшей кузницей научных и педагогических кадров нашей страны, свидетельствует, что он осуществил и продолжает осуществлять важную миссию по повышению уровня национального самосознания и просвещения. БГУ, сыгравший исключительную роль в формировании системы высших учебных заведении Азербайджана, и сегодня вносит свою лепту в реализацию стратегических задач, поставленных Президентом Ильхамом Алиевым перед деятелями науки и образования.