Издательство "Бакинский Университет" начало свою деятельность как редакционно-издательский отдел при Бакинском Государственном Университете, с которым связано исторически.

Общественно-политические процессы 20-30-х годов прошлого столетия, трудности довоенных и послевоенных годов сыграли немаловажную роль в деятельности издательства "Бакинский Университет". Первые периодичные печатные издания БГУ были журналы «Вестник» (1921) и «Теоретическая и практическая медицина» (1924). В 1921 году вышли в свет два полутомника «Вестников Бакинского Университета». Первый полутомник посвящен естествознанию и медицине, а второй - гуманитарным наукам. В 1922 году был выпущен второй номер «Вестников Бакинского Университета», а также первый полутомник (естествознание и медицина).

Деятельность по разным объективным и субъективным причинам неоднократно была остановлена, но по требованию интеллигенции вновь была возобновлена. Деятельность издательства Университета в 1961 году была в очередной раз приостановлена. Но во всей республике уже были знакомы книги с грифом Бакинского Университета.

С 1961 года издательство, как и раньше, продолжило издание  научных новестей, учебных программ, исторических указаний, монографий малого объема.

В целях улучшения подготовки высококвалифицированных специалистов в республике, обеспечения их учебниками, учебными пособиями, научной литературой и другой продукцией, и принимая во внимание предложения Министерства Высших учебных заведений Государственного Комитета Издательства и Полиграфии, а также Комитета по делам книжной торговли Совета Министров Азербайджанской Республики, постановлением 24 (№1) от 24 января 1984 года приняло решение о создании нового издательства и типографии университета, на базе действующего редакционно-издательского отдела и типографии, которые находились в старом здании университета (ул. Коммунистическая, 6). Но это здание было непригодным для дальнейшего использования. И поэтому было принято решение выделить издательству и типографии помещение в новом университетском корпусе: типографии - цокольную часть здания, а издательству - второй этаж.

С целью создания образцового издательства и типографии, отвечающим всем современным требованиям, необходимо было оснастить ее новейшей полиграфической техникой и оборудованием. Однако создание материально-технической базы нового издательства и ее типографии порой затруднялось объективными причинами. Так как в 1985 году в университетском издательстве было 3 полиграфических машин и этими машинами в какой-то степени возможно было удовлетворить потребности ученых печатным продукциям, но увы издательство университета не могло расширить свою деятельность. Для основательной деятельности, в первую очередь, нужна была полиграфическая база, отвечающая современным требованиям.

Постановлением от 13 марта 1987 года ЦК КПСС и Совета Министров СССР «О мерах по коренному улучшению качества подготовки и использования специалистов с высшим образованием в народном хозяйстве» выдвигались задания о создании новых издательств всесоюзного и республиканского знаний, а также реорганизации существующих издательств.

В те годы в бывшем Союзе были открыты 10 издательств, одно из них - Издательство "Бакинский Университет" (Издательство Азербайджанского Государственного Университета).

На основании этого постановления руководство республики и Министерство Образования в мае 1987 года на коллегии сделали решительные шаги. ЦК КП Азербайджана и Совет Министров Азербайджанской Республики приняли постановление улучшить рабочую структуру и деятельность издательства "Бакинский Университет", которое уже считалось одним из издательств II категории среди 10-ти издательств бывшего Союза. Следует отметить, что издательство «Бакинский Университет» являлось единственным издательством в области системы образования, которое имело свою типографию.

1980-х годах в издательстве «Бакы Университети» впервые было создано компьютерное бюро, сделаны шаги по офсетной печати. Начиная с 1988 года учебные издания, которые охватывают разные темы, впервые на  азербайджанском языке были изданы в издательстве «Бакинский Университет», «Истоки по истории Азербайджана», «История Бакинского Университета», «Введение в специальность», «География арабских стран», «Уголовное право», «Семейное право», «Морфология языков орхоно-енисейских памятников», «Турецкий язык», «Исторический, географический и экономический Азербайджан», «Квантовая механика» (в задачах), «Типография с основанием геодезии», «Основы биотехнологии», «Чудо-система» и др.

Печатные продукции издательства «Бакы Университети» в значительной степени отличались от продукций других идентичных издательств. Со времен создания издательства «Бакы Университети» и его типографию возглавляли Фархад Зейналов, Аждар Бабазаде, Адиль Абдуллаев, Абузар Исмаилов, Агамуса Зейналов, Бахрам Джафаров, Керим Гасанов, Балакиши Агаев.

С 2006-го года директором издательства «Бакы Университети» является Ислам Ширинов.

В связи с восстановлением независимости в республике произошли изменения как в стране, так и в издательстве. Трудности не миновали и издательство «Бакинского Университета». Несмотря на ценность изданных книг, они и по качеству, и по полиграфическому оформлению не отвечали требованиям сегодняшнего дня. И это было связано с низким уровнем материально-технического снабжения, отсутствием новых полиграфических оборудований.

С 2005 года в жизни издательства вновь произошли изменения. По распоряжению и руководством ректора БГУ академика А.М.Магеррамова нынешнее помещение издательства отремонтировано и отвечает современным требованиям. Издательство оснащено новой современной мебелью, конденсационными устройствами.

Материально-техническая база издательства Бакинского Университета усилилась и снабдилась новыми технологическими оборудованиями.

Следует отметить, что в производственной области издательства используются нижеуказанные оборудования:

• 1) Офсетная печатная двухкрасочная машина «Komori-GS», японского производства;
• 2) Фальцевальная машина «Multieffekt», германского производства;
• 3) Машина бесшвейного скрепления типа «Poni»;
• 4) Копировальная машина типа «Remark»;
• 5) Смывочная машина типа «Remark».

Издательство Бакинского Университета состоит из двух редакций, компьютерного бюро и производственной части, которая оснащена новыми полиграфическими оборудованиями.

Следует отметить, новый ремонт издательства, оснащение современными полиграфическими оборудованиями создали почву для своевременного издания высококачественной печатной продукции. Следует отметить, что журнал «Вест­ник Бакинского Университета» издается без задержки, своевременно. И это отмечается положительно со стороны ученых и специалистов республики.

В настоящее время книги с грифом «Издательства Бакинского Университета» намного превосходят книги, изданные в других издательства и по качеству, и с точки зрения полиграфии.

Следует отметить, что в период руководства И.Ширинова наряду с многочисленными программами, методическими указаниями, учебными пособиями издательством Бакинского Университета выпущено более 50-ти учебников для высших учебных заведений «Химия» (А.М.Магеррамов, Р.А.Алиева, Т.А.Мах­мудов, Ф.М.Чырагов), «Турецкий язык» (А.Расулов, Р.Рустамов), «История турецкой литературы» (Айдын Аби Айдын), «История библиотечного дела в Азербайджане» (А.Халафов), «Проблемы прав человека, населения и миграции в современном международном праве» (А.Алиев), «Органическая химия» (А.М.Магеррамов, М.А.Аллахвердиев), «Азербайджанская детская литература» (Г.Намазов), «Классическая астрономия» (Дж.М.Гулузаде), «Радиотехника» (Б.Давудов, К.Дашдамиров), «Современная азербайджанская литература» в 2-х томах (Дж.Абдуллаев и др.), «Органическая химия» (А.М.Магеррамов, М.Н.Ма­геррамов), «Основы аналитической химии» (Р.А.Алиева, Ф.М.Чырагов), «Поиск и разведка месторождений полезных ископаемых» (В.М.Бабазаде, В.Г.Рамазанов, Т.Н.Насибов, А.И.Хасаев, Б.Г.Галандаров, З.И.Мамедов), «Термодинамическая статистика» (Б.Аскеров), «Квантовая механика» (А.И.Мух­та­ров), «Петрография» (В.М.Бабазаде, Н.М.Мамедов, Н.А.Имамвердиев), «Топонимика» (Н.Г.Мамедов), «Физиология человека и животного» I и II ч. (А.Г.Али­ев, Ф.А.Алиева, В.М.Мадатова), «Физиология растений» (Н.А.Касумов), «Геохимия магматических процессов» (Н.Имамвердиев), «Химическое соединение» (Т.Г.Гу­лиев), «Кристаллография и кристаллохимия» (А.Магеррамов, М.Чы­ра­гов, К.Рагимов, А.Ширинова), «Основы ландшафтоведения» (М.Сулейманов, И.Алиева), «Микология» (А.Ибрагимов, З.Абдулова, Л.Мехтиева), «Социально-экономическая география стран Ближнего и Среднего Востока» (Г.Султанова, Дж.Мамедов), «Юридические основы использования природой» (А.Долуханов), «Внешняя политика Азербайджана» (Муса Исмаил), «Право внешних отношений» (Н.Касумова).

В 2007 году Издательство Бакинского Университета участвовало в III Республиканской выставке - продаже книг и получило один «Диплом» и одно «Свидетельство». Следует отметить, что в первом квартале 2008 года по инициативе ректора Бакинского Государственного Университета акад. А.М.Ма­геррамова в Азербайджанском Государственном Педагогическом Университете была организована выставка-продажа книг, изданных издательством Бакинского Университета. Выставка-продажа прошла на высоком уровне и была освещена СМИ.

C 2008 года орган Бакинского Государственного Университета газета «Бакы Университети» начал издаваться в типографии издательства Бакинского Университета.