Комитет профессиональных союзов работников Бакинского государственного университета (КПС БГУ) возглавляли академики Фирудин Кочарли (1944-1952),  Сабир Гаджиев (1972-1976), Чингиз Гасанов (1952-1960),  Керим Гасанов (1960-1963), Мамедхан Расулов (1963-1965), Абдуллах Мамедов (1965 - 1972),  Сабир Мустафаев (1976-1979), Яльчин Ализаде (1979-1989), Тариэль Ахмедов (1989-1996), Мухаммад Гулиев (1996-2006), Фикрет Шириев. С октября 2019 года КПС БГУ руководит доктор физических наук Гусейн Мамедов.

В годы независимости авторитет КПС БГУ, по сравнению с советским периодом, несколько ослаб. Этот процесс был более заметен в первые годы независимости. Инертность в работе профсоюзного комитета наблюдалась на фоне политической нестабильности в стране. Положительные изменения, происходящие во всех сферах жизни, начиная со второй половины 90-х годов, начали оказывать влияние и на работу КПС БГУ.

Оживление в деятельности КПС БГУ особо чувствуется в последние годы. Заслуги комитета, который ответственен за защиту социальных, правовых, нравственных интересов сотрудников БГУ,  стали более зримыми. КПС БГУ активно участвует в общественно-политической жизни университета. Можно отметить такие события из жизни университета, как юбилейные церемонии, великолепные дни знаний, выпускные, субботники, конкурсы рисунков, различные спортивные и шахматные соревнования. Вот уже третий год Комитет проводит в актовом зале университета новогодние елки для детей сотрудников БГУ. Одной из главных задач Комитета является организация эффективного досуга сотрудников, в частности в летние месяцы. Так, на базе БГУ в поселке Алтыагач (1100 метров над уровнем моря) и в Губинском Учебно-практическом центре, сданным в эксплуатацию в 2013 году, созданы все условия для полноценного отдыха сотрудников.

Кроме того, благодаря сотрудничеству с Конфедерацией профсоюзов Азербайджана и Акционерным Обществом «Курорт», каждый год сотрудникам БГУ предоставляется до 100 путевок в курорты и санатории страны. Для организации отдыха сотрудников, по инициативе КПС БГУ ежегодно с туристическими компаниями подписываются двусторонние соглашения. Кроме того, по просьбе сотрудников, организуются экскурсии в музеи и  исторические места страны.

Благодаря усилиям КПС БГУ с 1 апреля 2011 года, после 22-летнего перерыва, вуз перешел на 5-дневную рабочую неделю.

На заседаниях КПС БГУ члены Комитета выступают в защиту преподавателей, в отношении которых Ученый совет БГУ принимает жесткие меры за допущенные нарушения. Благодаря усилиям Комитета многим из этих преподавателей мера наказания облегчается. Аналогичный процесс произошел и после проведения аттестации  работников, и благодаря заботе КПС БГУ десятки сотрудников не столкнулись с потерей  рабочих мест.

Каждое воскресенье, в течение пляжного сезона, организуются однодневные экскурсии на пляжи Набрана, на выходные и в праздничные дни 2-3-х дневные экскурсии в Гусар, Губу, Исмаиллы, Шамахы, Шеки, Масаллы, Лянкяран.

КПС БГУ подписал двусторонние соглашения с санаториями Северного Кавказа, благодаря чему созданы более благоприятные условия для льготного отдыха сотрудников БГУ в этих санаториях.

КПС БГУ оперативно реагирует на несчастные случаи и другие проблемы, происходящие в семьях сотрудников. КПС оказал моральную и материальную помощь сотням сотрудников, в семьях которых произошли непредвиденные события. Члены Комитета посещают сотрудников, имеющих проблемы со здоровьем, им оказывается необходимая помощь. КПС БГУ также занимается организацией похорон сотрудников БГУ.  Весь процесс похорон осуществляется Комитетом - подготовка некролога, подача объявления в газету и т.д. КПС, зачастую, организует выделение места для захоронения.

Проведение юбилейных мероприятий видных деятелей страны является одной из наиболее важных обязанностей КПС БГУ.

В обязанности КПС БГУ входят работы по улучшению социальных условий работников, обеспечение их качественным и недорогим общественным питанием,  укрепление трудовой дисциплины, оказание внимания и заботы нуждающимся сотрудникам, защита их здоровья, выплата различных компенсаций, регулировка рабочих дней и дней отдыха.

На сегодня КПС БГУ объединяет в своих рядах  около 3000 человек.