Бакинский государственный университет (БГУ) тесно сотрудничает с вузами Казахстана. Из 12 программ двойных дипломов БГУ 4 реализуются совместно с вузами братской страны. С 2020 года реализуется программа двойного диплома по специальности «Морское и энергетическое право» между БГУ и Казахским национальным университетом имени аль-Фараби. Согласно договору между БГУ и Казахским национальным исследовательским техническим университетом им. К. И. Сатпаева (КНИТУ) химический факультет БГУ и Институт химии и биотехнологий КНИТУ реализуют программу двойного диплома по специальности «Нефтехимия». БГУ в 2022 году с Евразийским национальным университетом имени Л.Н. Гумилева подписал программу двойного диплома по специальности «Биотехнология», с Каспийским университетом технологий и инжиниринга имени Ш. Есенова на уровне бакалавриата по специальности «Международные отношения». На сегодняшний день БГУ подписал меморандумы о сотрудничестве примерно с 20 вузами Казахстана.

На мероприятии в Университете АДА, посвященном «Расширению сотрудничества в сфере высшего образования между Азербайджаном и Казахстаном», подписан меморандум между БГУ и 8 другими вузами Казахстана. Это Каспийский университет технологий и инжиниринга им. Ш. Есенова, Карагандинский государственный университет имени академика Е.А. Букетова, Кызылординский университет имени Коркыт Ата, Университет Алихана Бокейхана, Актюбинский региональный университет имени К. Жубанова, Восточно-Казахстанский технический университет имени Д. Серикбаева, Карагандинский индустриальный университет, Алматинский университет менеджмента.

На мероприятии ректор Эльчин Бабаев предложил расширить программы двойных и даже тройных дипломов на уровне бакалавриата и особенно магистратуры между  вузами двух стран. В своем выступлении ректор подчеркнул важность совместного использования исследовательской инфраструктуры двух стран и доступа к открытым научным данным, а также обеспечения коллективного доступа к оборудованию и объектам образовательных и научно-исследовательских учреждений. Эльчин Бабаев подчеркнул необходимость организации докторских программ и годичных исследовательских стажировок и выразил уверенность в том, что подобные инициативы создадут новые возможности в сфере науки и образования как для Азербайджана, так и для Казахстана.

С 2024-2025 учебного года на кафедре истории тюркских народов исторического факультета БГУ начата подготовка кадров по специальности «Регионоведение (Казахстан)».

В настоящее время в БГУ обучаются 13 казахстанских студентов.