1919-21-ci illirdə Aşqabad şəhərində fəhlə, 1922-26-cı illərdə isə indiki Səttarxan zavodunda xarrat vəzifəsində işləmişdir. 1926-29-cu illərdə Bakı Dövlət Universitetinin (BDU) nəzdindəki fəhlə fakültəsinin tələbəsi olmuşdur. 1932-35-ci illərdə isə Azərbaycan Sənaye İnstitutunda təhsilini davam etdirərək, oranı kimyaçı-texnoloq ixtisası üzrə bitirmişdir. Əmək fəaliyyətinə hə¬lə tələbə olarkən 1932-ci ildə V.Strua adına «Krekinq» zavodunda növbə mühəndisi kimi başlamışdır. 1936-38-ci illərdə həmin zavodda baş mühəndis vəzifəsinə qədər yüksəlmişdir. 1938-40-cı illərdə Azərbaycan Neft Emalı elmi-tədqiqat institutunun «Krekinq» laboratoriyasına rəhbərlik etmişdir. 1940-42-ci illərdə Azərbaycan Sənaye İnstitutunun «Neftzavod mexanikası» kafedrasında dosent vəzifəsində işləmişdir.
1940-cı ildə «Resirkulyasiya ilə krekinqdə benzin çıxımlarının tədqiqi» mövzusunda namizədlik, 1944-cü ildə isə «Texnolologiyanın əsas məsələsi və krekinq prosesinin kinetikası» mövzusunda doktorluq dissertasiyasını müdafiə etmişdir. 1945-ci ildə «Kimya texnologiyası» ixtisası üzrə professor adına laiq gorülmüşdür. 1952-ci ildə AMEA-nın həqiqi üzvü seçilmişdir.Professor M.F.Nağıyev 1942-ci ildən ömrünün sonuna kimi akademiya sistemində işələmişdir. O, 1942-44-cü illərdə SSRİ Elmlər Akademiyasının Kimya İnstitutunun Azərbaycan filialında böyük elmi işçi, 1944-cü ildə «Katalitik krekinqin fizikası» şöbəsinin müdiri olmuşdur. 1945-46-cı illərdə AMEA-nın Neft İnstitutunda «Neft emalı» şöbəsinin müdiri, 1946-56-cı illərdə isə həmin institutun direktoru və şöbə müdiri vəzifələrində işləmişdir. 1959-61-cı illərdə AMEA-nın Neft Kimya Prosesləri İnstitutunun direktoru, 1965-75-ci illərdə isə AMEA-nın Kimya Texnologiyasının Nəzəri Problemləri İnstitunun yaradıcısı və direktoru olmuşdur.
Akademik M.F.Nağıyev elmi-tədqiqat fəliyyətini elmi təşkilat işi ilə uzlaşdıran görkəmli alimlərdəndir. O, uzun müddət akademiya institutlarına rəhbərlik etməklə yanaşı, 1952-57-ci illərdə AMEA-nın Fizika-Texnika bölməsinin akademik-katibi, 1957-59-cu illərdə AMEA-nın vitse-prezidenti, 1961-66-cı illərdə isə AMEA-nın baş elmi katibi olmuşdur. 1958-ci ildən ömrünün sonuna kimi keçmiş SSRİ Ali Təhsil Nazirliyi nəzdindəki Ali Attestasiya Komissiyasının üzvü olmuşudr. O, həmçinin keçmiş SSRİ-dəki Neft konqresinə dair Beynəlxalq komitənin (1962), Qarşılıqlı İqtisadi Yardım Şurası Kimya Komissiyasının (1960-75) üzvü olmuşdur.Akademik M.F.Nağıyev elmi fəaliyyəti ilə yanaşı, pedaqoji işlə də daim məşğul olmuşdur. O, uzun müddət ASİ-nin kimya texnologiyası fakültəsində «Krekinq proseslərinin texnologiyası» fənnindən dərs demiş, 1959-60-cı illərdə BDU-nun «Fiziki-kimya» kafedrasına rəhbərlik etmiş və «Kimyəvi kinetika» sahəsi üzrə xususi kurslardan tələbələrə mühazirələr oxumuşdur.
Ana dilimizdə neftin texnologiyasına dair ilk dərslik onun qələminin məhsuludur. «Kimya texnologiyasında resirkulyasiya proseslərinin nəzəriyyəsi», monoqrafiyasını dünyanın bir sıra (ingilis, alman, çin) dillərinə tərcümə etmişdir.Akademik M.F.Nağıyev əsas elmi işləri neft kimyası və texnologiyası, kimyəvi reaksiyaların kinetika və termodinamikasına həsr edilmişdir. Onun adı ilə yeni bir elm sahəsi-kimya texnologiyasının nəzəriyyəsi yaranmış və inkişaf edərək müstəqil bir elm səviyyəsinə gəlib çatmışdır. Çox böyük elmi dünyagörüşünə malik olan M.F.Nağıyev fizika, kimya, kibernetika, riyaziyyat və iqtisadiyyat kimi elmləri özündə birləşdirən resirkulyasiya proseslərinin nəzəriyyəsini yaratmışdır. Bu isə mürəkkəb kimya-texnologiya prosesləri kompleksinin optimallaşdırılması və idarə edilməsinin mümkün olan yeganə elmi yoludur. Bütün dünyada etiraf edilmişdir ki, resirkulyasiya nəzəriyyəsindən istifadə edilmədən kimya kombinatlar qurğularını, hətta ayrıca reaktorları belə layihələşdirmək qeyri-mümkündür.
Onun çoxillik elmi tədqiqatları nəticəsində kimya texnologiyasının bir sıra nəzəri məsələləri: kimya reakiorlarının potensial imkanlarının tapılması; realizə olunan təcrübi proseslərin optimallaşdırılmasının artırılması; resirkulyasiya sistemləri üçün katalizatorun seçilməsi və tədqiqi; əks əlaqəli sistemlərin həyata keçirilməsi ilə təcrübi proseslərin tədqiqi; maksimum səmərəliklə işləyən kimya komplekslərinin işlənib hazırlanması öz həllini tapmışdır. Beləliklə, onun işləyib hazırladığı resirkulyasiya prosesləri nəzəriyyəsi kimya texnologiyası ilə əlaqədar komplekslərin riyazi modelləşdirilməsinin əsasını təşkil edir.Akademik M.F.Nağıyev çoxşaxəli elmi-tədqiqat işlərinin nəticələri 30 fundamental monoqrafiyada, 300 elmi əsərdə və muəlliflik şəhadətnaməsində öz əksini tapmışdır. Onun rəhbərliyi ilə 3 elmlər doktoru, 30 elmlər namizədi hazırlanmışdır. Respublikada elmin inkişafına və elmi kadrların hazırlanmasındakı xidmətlərinə görə 1956-cı ildə Azərbaycan SSR Əməkdar Elm Xadimi adına layiq görülmüşdür.
Akademik M.F.NAĞIYEV bir sıra monoqrafiyaların redaktoru, 1961-75-ci illərdə Azərbaycan Kimya jurnalının redaktoru, AMEA-nın məruzələri və «Neft kimyası» (Moskva) toplularının redaksiya heyətinin üzvü olmuşdur.
Akademik M.F.Nağıyev Azərbaycan elmini ən möhtəşəm Beynəlxalq konqress, simpozium və konfranslarda ləyaqətlə təmsil etmişdir. O cümlədən 1956-cı ildə Filadelfiyada, 1968-ci ildə Moskvada kataliz üzrə keçirilən beynəlxalq konqreslərdə, 1962-ci ildə Nyu-Yorkda keçirilən Beynəlxalq neft konqresində, 1965 və 1966-cı illərdə Moskvada keçirilən nəzəri və tətbiqi kimyaya dair Beynəlxalq konqreslərdə iştirak etmiş və dərin məzmunlu məruzələrlə çıxış etmişdir. Belçika (1958), Fransa (1960), İngiltərə (1966), Çexoslovakiya (1964) kimi ölkələrə dəvət edilmiş və orada mühazirələr oxumuşdur.Akademik M.F.Nağıyev görkəmli ictimai xadim kimi Azərbaycan SSR Ali Sovetinin 4,5,6,-cı çağırışlarının deputatı olmuşdur.Onun elm qarşısındakı əməyi dövlət tərəfindən qiymətləndirilərək, 1969-cu ildə ən yüksək mükafata Sosialist Əməyi Qəhramanı adına layiq görülmüşdür. O, həmçinin Lenin, Qırmızı Əmək Bayrağı ordenləri ilə və bir sıra medallarla, Azərbaycan SSR Ali Sovetinin Fəxri Fərmanı ilə təltif olunmuşdur.M.F.Nağıyev 1957-ci il yanvar ayının 28-də uzun sürən xəstəlikdən sonra vəfat etmişdir. Akademik M.F.Nağıyev adını əbədiləşdirmək məqsədilə yaratdığı və rəhbərlik etdiyi AMEA-nın Kimya Texnologiyasının Nəzəri Problemləri İnstitutuna 1991-ci ildə onun adı verilmişdir.